O território que hoje forma o município de Ponto Novo foi originalmente habitado por diversas etnias indígenas, entre as quais se destaca o povo Payayá, pertencente ao grupo dos tapuias. Esses povos ocupavam a região compreendida entre Jacobina e o Vale do Paraguaçu, numa área conhecida como o Sertão das Jacobinas.
No início do século XVIII, especificamente em 1706, os Payayás foram reunidos por missionários franciscanos no Aldeamento de Bom Jesus da Glória de Jacobina, criado com o objetivo de promover a catequese indígena. Esse processo de aldeamento provocou um intenso despovoamento na região entre os séculos XVII e XIX, já que muitos indígenas foram concentrados nas missões, enquanto outros, que se recusaram a se submeter à vida aldeada, acabaram sendo expulsos. Essa dinâmica abriu espaço para a formação de grandes propriedades rurais, transformando o território em uma área dominada por latifúndios e praticamente ignorada pelas autoridades coloniais e imperiais.
Durante o século XIX e o início do século XX, a região permaneceu esquecida pelo poder público, o que levou à ocupação por posseiros que construíram moradias simples. Esses primeiros habitantes formaram, no final da década de 1940, um pequeno povoado à margem direita do rio Itapicuru-Açu, em terras pertencentes à Fazenda Capim Grosso, de propriedade dos latifundiários Agnelo Pereira do Amaral e Leovigildo Ferreira da Silva. Essa fazenda localizava-se na porção norte do município de Saúde, na microrregião de Jacobina.
O povoado de Ponto Novo surgiu a partir da convivência entre famílias de posseiros, lavradores e operários que trabalharam na construção de uma ponte sobre o rio Itapicuru-Açu. Essa obra fazia parte de uma estrada implantada pelo Governo do Estado da Bahia com o propósito de ligar Feira de Santana a Juazeiro, o que impulsionou o desenvolvimento local e fixou os primeiros núcleos populacionais estáveis.
Em 31 de dezembro de 1953, o povoado foi oficialmente elevado à categoria de distrito, recebendo o nome de Distrito de Ponto Novo, conforme estabelecido pela Lei Estadual nº 628. O novo distrito foi incorporado ao município de Saúde.
No início da década de 1960, com a reorganização administrativa da região, Ponto Novo deixou de pertencer a Saúde e passou a integrar o recém-criado município de Caldeirão Grande, instituído pela Lei Estadual nº 1.689, de 25 de abril de 1962.
Com o processo de redemocratização do Brasil após o término da ditadura militar e a promulgação da Constituição Federal de 1988, as demandas da população de Ponto Novo começaram a ganhar força política. As reivindicações pela emancipação foram acolhidas pela Assembleia Legislativa da Bahia, que aprovou a criação do novo município por meio da Lei Estadual nº 4.837, de 24 de fevereiro de 1989, desmembrando-o de Caldeirão Grande.
A instalação oficial do município de Ponto Novo ocorreu em 1º de janeiro de 1990, marcando o início de sua trajetória política e administrativa autônoma.